I museets två första rum finns Skattkammaren för Milanos domkyrka, som innehåller Artefakter som ursprungligen förvarades i sakristierna i Milanos domkyrka. Här finns liturgiska föremål, bland annat dräkter och manuskript som användes under perioden mellan 500- och 1600-talet. En framträdande artefakt här är Diptych of the Five Parts som är två intrikat snidade elfenbenstavlor som var tänkta att vara ett omslag till en evangeliebok.

Bland andra processionskors hittar du Chiaravalle-korset, ett stort guldkors med romanska kvaliteter som användes vid processioner. Den är utsmyckad med gyllene utsmyckningar på sidorna, medan den inre ramen består av en bärnstensfärgad röd färg. Korset har också historisk betydelse, eftersom det en gång bars av ärkebiskop Ottone Visconti under slaget vid Desio 1277, då familjen Viscontis överhöghet i Milano fastslogs.

I ett långt vitrinskåp hittar du flera kalkar och patener som användes under de liturgiska gudstjänsterna vid olika tidpunkter i kyrkans historia. Du hittar också vackert designade monstranter med genomskinliga behållare som användes för att förvara den välsignade värden efter firandet av eukaristin. Krönta Jungfru Maria och barnet och Barnets presentation i templet är genomarbetade altartavlor som är värda att se. Andra anmärkningsvärda målningar är Kolibri Mitre och Jungfru Maria dell'Idea.

En serie dyrbara Väggbonader donerades till Veneranda Fabbrica 1569 av Sankt Karl Borromeo (en viktig beskyddare vid byggandet av kyrkan). Väggbonaderna innehåller detaljerade avbildningar med fantastiska detaljer och färger som är sammanvävda med ull, siden, silver och till och med guld. Serien Berättelser om Moses är den mest kända samlingen som fångar olika scener från den bibliska berättelsen om Moses. Andra kända verk är Cherub's Games.

Denna trämodell, som kallas Modellone, är den äldsta och största arkitektoniska skalmodellen av Milanos domkyrka Duomo. Den tillverkades av Bernardino Zenale år 1519 i skala 1:22 och har bearbetats i över tre århundraden och fungerat som ett utkast till Katedralen. Strukturen är tillverkad av lindträ, valnöt och furu och är intrikat snidad och förkroppsligar många aspekter av den yttre katedralen, inklusive dess fina tinnar, spiror, flygande strävpelare och utsmyckningar.